1999年の全日本F3選手権（1999ねんのぜんにほんF3せんしゅけん）は、1999年（平成11年）3月20日 - 21日に鈴鹿サーキットで開幕し、同年11月13日 - 14日に鈴鹿サーキットで閉幕した全10戦による1999年シーズンの全日本F3選手権である。

シリーズチャンピオンはダレン・マニング（イギリス）が獲得した。

車番	ドライバー	車名（シャシー／エンジン）	エントラント	エンジンチューナー
1	ダレン・マニング（第1 - 9戦）	TOM'S F399 → MCTI TOM'S F399 （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	TOM'S	（株）トムス
2	ワグナー・エブラヒム（第1 - 8戦）	戸田無限ホンダF399 （ダラーラF399／無限MF204B）	TODA RACING	（株）戸田レーシング
3	セバスチャン・フィリップ	カストロール富士通テンF399 （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	INGING	（株）トムス
4	酒井浩（第2,3戦）	東京プラザF397改 （ダラーラF397改／トヨタ・トムス3S-GE）	TOMEI SPORT	トリイレーシング
	パトリック・バン・スクート（第6戦）	東名スポーツF397 （ダラーラF397改／トヨタ・トムス3S-GE）
5	滑川健	INGINGトステムF397 （ダラーラF397／トヨタ・トムス3S-GE）	INGING	（株）トムス
6	中嶋廣高（第1 - 8戦）	5ZIGEN DALLARA （ダラーラF398／トヨタ・トムス3S-GE）	TEAM 5ZIGEN	トリイレーシング
7	荒聖治（第1 - 9戦）	ZENT TOM'S F399 （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	TOM'S	（株）トムス
8	井上智之	ESSO TOM'S F399 （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）
9	谷川達也	ThreeBond （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	PAL SPORT	（株）トムス
15	リスト・ヴィルタネン（第1 - 5,7 - 10戦）	5ZIGEN DALLARA （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	TEAM 5ZIGEN	トリイレーシング
16	五味康隆（第1 - 9戦）	ダラーラF399 （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	TEAM TMS	トリイレーシング
17	黒澤治樹	ライアンレーシング戸田無限本田 （ダラーラF399／無限MF204B）	LIAN RACING TEAM	（株）戸田レーシング
18	密山祥吾	イエローハット397・HKS （ダラーラF397／HKS三菱4G93）	チームイエローハット with エイムスポーツ	（株）HKS
20	伊藤健二（第5戦）	GMC,coチャレンジF3 （ダラーラF398改／トヨタ・トムス3S-GE）	近藤真彦レーシングプロジェクト	（株）トムス
	平野功（第9戦）	ラム&トスMKダラーラ （ダラーラF398改／トヨタ・トムス3S-GE）
33	小早川受黎（第1,3 - 6戦）	DeODEO・DALLARA （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	NOW MOTOR SPORTS	（株）トムス
38	五味康隆（第10戦）	プロキダイ芙蓉実業F399 （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	PROKIDAI with TORII RACING	トリイレーシング
53	富澤勝（第2,5,8,9戦）	WAKO'SマエジマF397 （ダラーラF397／トヨタ・トムス3S-GE）	レーシングチーム マエジマ	トリイレーシング
55	金石年弘	ARTA399無限 （ダラーラF399／無限MF204B）	株式会社童夢	（株）無限
64	松田次生（第1 - 9戦）	PIAA DALLARA 無限 （ダラーラF399／無限MF204B）	NAKAJIMA HONDA	（株）無限
71	内山清士（第1 - 9戦）	NIHON KIZAI F399 （ダラーラF399／トヨタ・トムス3S-GE）	ニホンキザイレーシングチーム	（株）トムス
77	伊藤大輔	スピードマスターF399ホンダ （ダラーラF399／無限MF204B）	SKILL SPEED	（株）戸田レーシング
87	マウリシオ・メディアーニ（フランス語版）	阪急交通社HKSラリーアート （ダラーラF399／HKS三菱4G93）	HKS RALLIART	（株）HKS

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