近親交配（きんしんこうはい、英: inbreeding）とは、親縁係数が0でない個体同士を掛け合わせること。内系交配、インブリード、インブリーディングとも。同一個体で行われる場合は、自家受精（植物の場合は自家受粉）という。これは一般的には好ましくないものとされ、生物にはそれを避ける仕組みを持つものが様々な群で知られる。

有性生殖をする生物の多くは常染色体上の遺伝因子一つにつき二つの遺伝子を持っている。一方は父親から、もう一方は母親から受け継いだものである。どちらか片親からその遺伝子を受け継いだだけで形質に現れる遺伝子を優性の遺伝子、両親から同一の遺伝子をもらった場合のみにその形質が現れるのを劣性の遺伝子という。 (ここでの優性、劣性とは「優れている」「劣っている」という意味ではない。)

例えばABO式血液型では、A型とB型の遺伝子が優性、O型の遺伝子が劣性である。一般的に血液型と言われる表現型のO型は両方の親からO型の遺伝子を受け継がなければ発現しない^{[注釈 1]}。また耳垢は湿性が優性で乾性が劣性である。

遺伝子の中には耳垢のように生存に無関係のものが多いが、有利・不利をもたらすものもある。それらはそれぞれ優性(顕性)の場合もあれば劣性(潜性)の場合もある。生存に不利な遺伝子のうち、優性のものは高い頻度で発現する。そのような遺伝子を受け継いだ個体は生存と繁殖上不利であるから自然選択によって取り除かれる。一方、劣性遺伝かつ生存に不利な遺伝子は、片親から受け継いだだけでは発現しないため取り除かれにくい。そのため、現生生物のほとんどの種では生存上不利な遺伝子は、おおむね劣性遺伝子として伝えられている^{[注釈 2]}。また、そのような劣性遺伝子を持つ系統は、持たない系統に比べて繁殖上やや不利であり、集団全体から見れば不利な劣性遺伝子の割合も少数派になるのが普通である。

個体について言えば、血縁関係の遠い個体との交配では生存に不利となる劣性遺伝子を両親ともに持っていることは少ない。しかし、両親が同じ生存に不利な遺伝子を持っている可能性が比較的高くなるため、その遺伝子が子に伝わり発現する可能性が比較的高まる。

近親交配を繰り返した場合、劣性遺伝のため発現していない、生存に不利な遺伝子が顕在化しやすく、遺伝性疾患が発生しやすくなる(近交退化、または雑種強勢の対語的に近親弱勢)^{[注釈 3]}。また、遺伝的多様性の低下原因となり、伝染性の病気などへの耐性が低くなる。

生物種の個体群がある程度以上小さくなると近親交配が起こりやすくなる。それぞれの種には絶滅を回避して種を存続できる最低限の規模があり、生存個体数がその規模を下回っているかどうかも保護の判断基準の一つである。

個体数が充分な状態では、一般に近親交配は起きにくい^{[注釈 4]}。それは多くの生物が近親交配を避けるメカニズムを持っているからである。 実際に、生物それぞれに、様々な形で近親交配を避けるようなしくみが知られている。被子植物では、多くの花に雄蘂と雌蘂が共存するが、どちらかが先に成熟するなど、自家受粉を妨げるようになっているものも多い(自家不和合性)。一方で、一部のダニなど特殊な環境で生きる昆虫では、ほとんど近親交配のみで繁殖していることが知られている。この場合、突然変異を考えなければ全ての遺伝子のホモ化が行われ、生存に不利な形質を持つ遺伝子は淘汰されていると考えられる。

品種改良において望ましい形質が低頻度の劣性遺伝子に基づいている場合、形質を固定するために有効な手段となる。望ましい形質を持つ個体とその親と交配させる戻し交配は品種改良における手法の一つとされる。

野生種と比べて、飼育動物や栽培植物には近親交配の弊害が脆弱性として表れていると考えられるものも少なくない。ウシやブタのような経済動物では効率の観点から遺伝性疾患の遺伝子を持つ個体は繁殖に用いないが、趣味性の高い競走馬や愛玩動物の品種には、特定の遺伝病が顕著に多発する例も少なくない。

ペットの近親交配は野放しに近い状態が続いていたが、先天性異常を持つ個体の増加につながるとの批判から、近親交配がおこなわれた場合には血統書を発行しないなどの措置がとられつつある。

競走馬も近年は近親交配が避けられる傾向にある。競走馬の近交係数は、もともと他の家畜に比べれば低いほうで、^[要出典]両親の片親が同じコロナティオン(近交係数約14%)のような近交は例外的であり、日本ダービー史上最も近交係数の高い馬は、約4%のフサイチコンコルドである。かつて、8代以内に共通祖先がいないなど自然条件下ではまずありえないであろう交配も試されたが、現在では無意味だと考えられている^{[要出典科学]}。

生物学において、実験動物から遺伝的に均一な集団を作成する際に用いられる。そのようにして得られた系統は近交系と呼ばれ、マウスにおいてイギリスのキャッスルの元で近交系マウスの樹立が行われ、癌に関する遺伝子研究等において不可欠となった^[1]。

近親相姦と近親交配の用語は似ているようで異なる。近親交配は遺伝的な問題を重視する自然科学的用語であり、近親相姦は人文科学的、または社会科学的用語である。^{[要検証 – ノート]}

歴史的に近親婚は、地位や財産の一族外への散逸を防ぐため、東洋・西洋とも王族・貴族間では慣例的に行われていた。有名な例では、スペイン・ハプスブルク朝では血族同士の結婚を繰り返し、17世紀末には虚弱な人物ばかりが誕生するようになり断絶するに至った。末代のカルロス2世は、累代の伯父と姪の婚姻の結果であるとみられている。ベラスケスの肖像画で知られる同母姉マルガリータ王女は、父方の従兄かつ母方の叔父にあたるレオポルト1世と結婚し、夫妻の間に生まれた子供4人のうち3人が1歳未満で死去した。

日本でも近親婚の風習は戦前までよく見られた。^[要出典]戦後に制定された民法734条により、三親等内の婚姻は禁止されている。

古代日本において、皇族の神聖さを強調するため^[要出典]に、近親婚が当たり前のように行われた。天武天皇は姪である持統天皇を皇后とし、二人の子の内草壁皇子、文武天皇、基王は早死にしてしまった。聖武天皇は50代まで長生きするが、生涯病弱であった。

いとこ婚等、比較的血縁の近い者どうしの婚姻の頻度が高い地域では、遺伝的背景による精神的または体格的障害児が頻繁に生まれやすくなることが報告されている^{[要出典医学]}。

神話や伝説には、英雄や神が近親婚や近親相姦によって生まれたとの伝承が多く見られる。これは、その誕生の特殊性を示すためと考えられている。あるいは人間との違いが強調されているか、作り話であることが示唆されるものである。^[要出典]

• 浅島誠、武田洋幸『シリーズ21世紀の動物科学 5 発生』培風館、2007年。ISBN 978-4-563-08285-7。 

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