大垣運輸区（おおがきうんゆく）は、岐阜県大垣市にある東海旅客鉄道（JR東海）東海鉄道事業本部管轄の運転士・車掌が所属する乗務員区所である。

• 1884年5月1日：長浜機関庫大垣分庫として開設。
• 1889年7月1日：大垣機関庫として独立。
• 1915年8月14日：名古屋機関庫大垣分庫となる。
• 1925年1月16日：米原機関庫大垣分庫となる。
• 1941年12月1日：大垣機関区となる。
• 1954年6月1日：現在地に移転^[1]。
• 1955年7月15日：東海道本線米原電化に併せて、大垣機関区が大垣電車区に変更され、電車が配置されるようになる。
• 1987年4月1日：国鉄分割民営化に伴い、東海旅客鉄道（JR東海）東海鉄道事業本部の管轄となる。
• 2001年4月1日：車両検修部門を大垣車両区に分離し、乗務員部門を大垣運転区に改称^[2]。
• 2002年3月23日：旧名古屋車掌区の一部業務の移管を受けて車掌を配置し、大垣運輸区に改称^[3]。

• 蒸気機関車^[4]
  • 2400形 -（在籍1931年-1949年）
  • D50形 -（在籍1931年-1943年、1957年）
  • C58形 -（在籍1943年）
  • C11形 -（在籍1947年-1965年）
  • C55形 -（在籍1947年）
  • D51形 -（在籍1947年-1949年）
  • C53形 -（在籍1949年）

• 東海道本線 米原〜豊橋間
• 美濃赤坂線 全線

1. ^ 旧・大垣機関区は、大垣駅北東部（現・大垣市林町2丁目）に存在した。
2. ^ “駅管理体制見直し”. 交通新聞 (交通新聞社). (2001年4月1日) 
3. ^ 「JR年表」『JR気動車客車編成表 '02年版』ジェー・アール・アール、2002年7月1日、188頁。ISBN 4-88283-123-6。 
4. ^ 「国鉄動力車配置表』1931年より1965年までの1945年を除く隔年分から『世界の鉄道』1967年、朝日新聞社

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表 話 編 歴 東海旅客鉄道東海鉄道事業本部
路線	営業路線 東海道本線 静岡地区 名古屋地区 美濃赤坂線 - 新垂井線 - 稲沢線 飯田線 武豊線 中央本線 名古屋地区 太多線 高山本線 関西本線 名古屋地区 ■紀勢本線 ■参宮線 ■名松線 廃止路線 岡多線（1988年転換） 東海道本線（西名古屋港線）（2004年転換）
車両基地・車両工場	現有組織 大垣車両区 神領車両区 名古屋車両区 美濃太田車両区 名古屋工場 廃止組織 伊勢車両区
乗務員区所	大垣運輸区 名古屋運輸区 豊橋運輸区 神領運輸区 中津川運輸区 亀山運輸区 伊勢運輸区 高山運輸区 美濃太田運輸区 伊那松島運輸区
指令所	東海総合指令所
支店	三重支店 飯田支店