Le qualificazioni al campionato europeo di pallanuoto maschile del 2006 hanno visto la partecipazione di 12 squadre suddivise in tre gironi. I gironi si sono disputati nell'aprile 2006 in gara unica con una diversa sede per ciascuno.

Erano già ammesse di diritto al campionato la Serbia, in quanto paese ospitante e campione in carica, e le squadre classificate nei primi sei posti dell'Europeo 2003 (Croazia, Ungheria, Russia, Spagna e Germania). Le ultime sei hanno affrontato queste qualificazioni contro le prime sei classificate dell'Europeo B 2004.

Si sono qualificate le prime due di ogni gruppo.

• Kranj,  Slovenia
• 7 aprile

Slovenia	9 – 7	Francia
Slovacchia	15 – 4	Malta

• 8 aprile

Slovacchia	11 – 10	Francia
Slovenia	10 – 6	Malta

• 9 aprile

Francia	16 – 7	Malta
Slovenia	10 – 6	Slovacchia

	Squadra	Punti	G	V	N	P	GF	GS	DR
1.	Slovenia	6	3	3	0	0	29	19	+10
2.	Slovacchia	4	3	2	0	1	32	24	+8
3.	Francia	2	3	1	0	2	33	27	+6
4.	Malta	0	3	0	0	3	17	41	-24

• Eindhoven,  Paesi Bassi
• 7 aprile

Grecia	25 – 7	Moldavia
Paesi Bassi	14 – 8	Polonia

• 8 aprile

Paesi Bassi	17 – 3	Moldavia
Grecia	19 – 4	Polonia

• 9 aprile

Polonia	13 – 10	Moldavia
Grecia	9 – 7	Paesi Bassi

	Squadra	Punti	G	V	N	P	GF	GS	DR
1.	Grecia	6	3	3	0	0	53	18	+35
2.	Paesi Bassi	4	3	2	0	1	38	20	+18
3.	Polonia	2	3	1	0	2	25	43	-18
4.	Moldavia	0	3	0	0	3	20	55	-35

• Imperia,  Italia
• 7 aprile

Italia	12 – 5	Romania
Turchia	8 – 2	Bielorussia

• 8 aprile

Romania	18 – 4	Bielorussia
Italia	19 – 3	Turchia

• 9 aprile

Romania	12 – 5	Turchia
Italia	23 – 0	Bielorussia

	Squadra	Punti	G	V	N	P	GF	GS	DR
1.	Italia	6	3	3	0	0	54	8	+46
2.	Romania	4	3	2	0	1	35	21	+14
3.	Turchia	2	3	1	0	2	16	33	-17
4.	Bielorussia	0	3	0	0	3	6	49	-43

• (EN) Todor66.com - Sport statistics Archive, su todor66.com. URL consultato il 25 gennaio 2011 (archiviato dall'url originale il 13 febbraio 2016).

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