Struktur sel bakteri unik dan tidak ditemukan pada Archaea atau Eukaryota.

Bentuk sel bakteri meliputi:

• kokus (bulat)
• basil (batang)
• spirilum (spiral)
• filamen

Bentuk sel menunjukkan karakteristik spesies bakteri tersebut, tetapi dapat bervariasi tergantung kondisi pertumbuhannya. Beberapa bakteri memiliki siklus hidup yang kompleks.

Ukuran bakteri sangat kecil berkisar antara 0,5-5μm. Bakteri terbesar yang pernah ditemukan adalah Thiomargarita dengan lebar mencapai 750μm (0,75 mm) yang membuatnya bisa terlihat dengan mata telanjang.

Fungsi dinding sel pada prokaryota, adalah melindungi sel dari tekanan turgor yang disebabkan tingginya konsentrasi protein dan molekul lainnya dalam tubuh sel dibandingkan dengan lingkungan di luarnya. Dinding sel bakteri berbeda dari organisme lain. Dinding sel bakteri mengandung peptidoglikan yang terletak di luar membran sitoplasmik. Peptidoglikan berperan dalam kekerasan dan memberikan bentuk sel. Ada dua tipe utama bakteri berdasarkan kandungan peptidoglikan dinding selnya yaitu Gram positif dan Gram negatif.

Karakteristik utamanya adalah tebalnya lapisan peptidoglikan pada dinding sel. Akibatnya, pada saat prosedur pewarnaan Gram, meninggalkan warna biru. Dinding sel Gram positif biasa ditemukan pada Actinobacteria dan Firmicutes.

Tidak seperti dinding sel Gram positif, dinding sel Gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang tipis. Hal ini menyebabkan lunturnya warna biru/merah muda saat disiram etanol.

Fimbria adalah tabung protein yang menonjol dari membran pada banyak spesies dari Proteobacteria. Fimbria umumnya pendek dan terdapat banyak di seluruh permukaan sel bakteri. Struktur pili mirip dengan fimbria dan ada di permukaan sel bakteri namun tidak banyak. Pili berperan dalam konjugasi bakteri. Fimbria hanya ditemukan pada bakteri gram negatif, dimana bakteri tersebut memiliki lapisan peptidoglikan yang tipis pada dinding selnya.

Kapsul adalah bagian asesori dari bakteri yang berbentuk padat dan tebal, berfungsi melindungi bakteri dari suhu atau kondisi lingkungan yang ekstrim.

Flagela adalah struktur kompleks yang tersusun atas bermacam-macam protein termasuk flagelin yang membuat flagela berbentuk seperti tabung cambuk dan protein kompleks yang memanjangkan dinding sel dan membran sel untuk membentuk motor yang menyebabkan flagela berotasi. Flagela berbentuk seperti cambuk. Flagela digunakan bakteri sebagai alat gerak. Bentuk yang umum dijumpai meliputi:

• Monotrik - Flagela tunggal ditemukan di satu sisi
• Peritrik - Flagela ditemukan diseluruh badan bakteri
• Amfitrik - Terdapat satu flagela pada masing masing kutub
• Lofotrik - Terdapat seberkas (banyak) flagel pada satu sisi/kutub
• Amphilopotrikus - Apabila dijumpai lebih dari satu flagella pada kedua ujung sel bakteri

Dibandingkan dengan eukaryota, bagian dalam sel bakteri sangat sederhana.

Tidak seperti eukaryota, kromosom bakteri tidak dikelilingi membran-bound nucleus melainkan ada di dalam sitoplasma sel bakteri. Ini berarti translasi, transkripsi dan replikasi DNA semuanya terjadi di tempat yang sama dan dapat berinteraksi dengan struktur sitoplasma lainnya, salah satunya ribosom.

Kebanyakan bakteri memiliki plasmid. Plasmid dapat dengan mudah didapat oleh bakteri. Namun, bakteri juga mudah untuk menghilangkannya. Plasmid dapat diberikan kepada bakteri lainnya dalam bentuk transfer gen horizontal.

Membran intraselular dapat ditemui pada bakteri fototrof, bakteri nitrifying dan bakteri metana.

Semua prokaryota memiliki 70S (di mana S = satuan Svedberg) ribosom sedangkan eukaryota memiliki 80S ribosom pada sitosol mereka.

Dengan mengatur jumlah gas dalam vakuola gasnya, bakteri dapat meningkatkan atau mengurangi kepadatan sel mereka secara keseluruhan dan bergerak ke atas atau bawah dalam air.

Endospora tahan terhadap berbagai jenis larutan kimia, dan keadaan lingkungan yang tidak baik. endospora adalah spora yang terbentuk pada saat bakteri berada dalam kondisi yang tidak menguntungkan. Endospora ini akan melindungi bakteri dari cuaca ekstrem

perbedaannya dengan spora biasa adalah spora biasa biasanya digunakan sebagai alat perkembangbiakan vegetatif

• Struktur sel tumbuhan