Pelabuhan Manokwari adalah salah satu pelabuhan yang dimiliki Manokwari, sebetulnya pelabuhan yang berada di Manokwari ada dua. Warga Manokwari menyebut Pelabuhan Manokwari dan Pelabuhan Marampa. Perbedaan kedua pelabuhan ini hanya soal kapasitas saja, jika pelabuhan Manokwari memiliki kapasitas untuk kapal yang besar, sedangkan pelabuhan Marampa hanya untuk kapal-kapal penyeberangan antar papua saja (alias untuk kapal-kapal kecil). Perbedaan kedua Pelabuhan Manokwari dan Pelabuhan Marampa adalah perihal kepemilikian, Pelabuhan Manokwari dimiliki oleh oleh PT. Pelni, namun untuk Pelabuhan Marampa dimiliki oleh PT. ASDP.

Namun untuk artikel kali ini difokuskan dahulu ke Pelabuhan Manokwari yang beralamatkan di Jl. Siliwangi no 24 Manokwari. Karena memang pelabuhan ini yang biaas digunakan untuk melakukan perjalanan secara nasiona, otomatis pelabuhan ini lebih dikenali. Selain untuk pelayaran orang, pelabuhan ini juga digunakan untuk pengiriman barang menuju dan berasal dari luar Papua. Mayoritas pengusaha akan mendistribusikan barangnya melalui pelabuhan ini.^[1]

• KM Sinabung

Rute perjalanan Surabaya-Makassar- Bau-bau - Bitung -Ternate - Tidore - Bacan - Sorong - Manokwari

• KM Dorolonda

Rute Perjalanan Ambon - Bau-bau - Fakfak - Jayapura - Makassar - Manokwari

• KM Labobar

Rute Perjalanan Surabaya - Balikpapan - Donggala - Amurang- Bitung - Ternate - Sorong - Manokwari

• KM Gunung Dempo

Rute Perjalanan Jakarta - Surabaya - Makassar - Ambon - Sorong - Manokwari

• KM Ciremai

Rute Perjalanan Jakarta - Surabaya - Makassar - Bau-bau - Sorong - Manokwari

• KM Tidar

Rute Perjalanan Surabaya - Balikpapan - Makassar - Bau-bau - Namlea - Ambon - Tual - Dobo - Kaimana - Fakfak - Sorong - Manokwari

• KM Sirimau

Rute Perjalanan Makassar - Bau-bau - Wanci - Ambon - Sorong - Manokwari^[2]

1. ^ "Pelabuhan Manokwari". Pelindo 4. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2020-02-17. Diakses tanggal 2020-02-17. 
2. ^ "Jadwal Kapal Pelni Terbaru Februari 2020". Jurnalis NTT. Diakses tanggal 2020-02-17.