Kolonijom se u zoologiji i mikrobiologiji naziva skupina živih bića koja žive u neposrednoj međusobnoj blizini a područje koje naseljavaju je prostorno odvojeno od drugog područja naseljenog istom vrstom. Tvorba ovakvih kolonija može se pojaviti kod vrlo različitih živih bića.

Nastavljanjem dijeljena stanica nastaju nakupine mikroorganizama, naročito bakterija, i tako tvore labavu zajednicu stanica (pobliže bakterijske kolonije). Dio znanstvene zajednice smatra da se ove labave kolonije stanica, u svojoj organizaciji još nediferencirane, a u funkciji još nespecijalizirane, mogu smatrati razvojnim predstupnjem mnogostaničnih organizama.

Povezana zajednica nekih žarnjaka, na primjer obrubnjaci, većina koralja nastaje bespolnim razmnožavanjem (na primjer pupanjem). Slične kolonije grade i mahovnjaci i neki plaštenjaci.

Poznato je i okupljanje većeg broja istovrsnih životinja koje povremeno ili trajno žive zajedno na relativno malom prostoru. To su, na primjer dabrovi na obalama rijeka ili velike kolonije morževa uz morsku obalu, a i više vrsta ptica koje se u vrijeme gniježđenja okupljaju u velike kolonije gdje grade gnijezda tijesno jedni uz druge. To je česta pojava kod vodenih ptica, između ostalih blune, plamenci, pingvini i niz drugih.

• Jato
• Eusocijalnost
• Spužve