פֶּפְּטִידִים (מיוונית: πεπτος, "מתעכל") הם שרשראות קצרות של חומצות אמינו, החל משתי חומצות אמינו, הקשורות ביניהן בקשר פפטידי.

חלבונים מוגדרים גם הם כשרשרת של עד מאות חומצות אמינו. לכן, ההבחנה בין חלבון קצר לבין פפטיד ארוך אינה חד משמעית, וישנן כמה הגדרות שמבחינות בין פפטידים לחלבונים. על פי הגדרה אחת, פפטיד מכיל עד מספר מסוים (למשל 50) של חומצות אמינו, בעוד חלבון מורכב מיותר מ-50 חומצות אמינו. על פי הגדרה אחרת, פפטידים ניתנים לסינתזה מלאכותית, בעוד חלבונים אינם ניתנים לסינתזה מלאכותית בדרכים קונבנציונליות. הגדרה אחרת טוענת שפפטיד הוא חסר תפקיד ביולוגי בעוד לחלבון תפקיד ביולוגי. על פי הגדרה זאת, אותה שרשרת של חומצות אמינו תוכל להיות גם חלבון וגם פפטיד, תלוי בהקשר הביולוגי שלה. במקרים רבים, פפטיד הוא חלק מחלבון ומבצע משימות מסוימות במקום החלבון הארוך ממנו בהרבה.

ניתן לסווג פפטידים על פי אורכם. כך למשל דיפפטיד בנוי משתי חומצות אמינו, טריפפטיד משלוש חומצות אמינו וטטרהפפטיד מארבע. נונאפפטיד הוא פפטיד בן 9 חומצות אמינו, כדוגמת ההורמונים וזופרסין ואוקסיטוצין.

השימוש העיקרי בפפטידים הוא בייצור נוגדנים. במקום להזריק חלבון שלם לגוף, ניתן להזריק פפטיד חלקי של החלבון, אשר יגרום לגוף לייצר נוגדנים לחלבון כולו.

תרופות שנועדו לחסום אתרים פעילים של חלבונים כגון תרופה נגד דחיית שתל.

הממתיק המלאכותי אספרטיים הוא פפטיד עם שתי חומצות אמינו: אספרטט ופנילאלנין כשהקצוות שלהן ממותלות.

שימוש נוסף בפפטידים הוא בספקטרוסקופיית מסה, כאשר חלבונים מזוהים על סמך פפטיד חלקי שלהם.

בפברואר 2005 הודיעו חוקרים מהטכניון שהצליחו ליצור מוליכים למחצה אורגניים על בסיס פפטידים.

ישנם מספר סוגים עיקריים של פפטידים טבעיים, המסווגים על פי דרך יצירתם:

• פפטידים ריבוזומליים - מסונתזים על ידי תרגום של mRNA. מתפקדים באורגניזמים גבוהים בעיקר כהורמונים או כמולקולות מבקרות. לדוגמה, נוירו-פפטידים משמשים כמולקולת סיגנל לתקשורות בין תאי עצב (נוירונים). פפטידים שונים אלו הם בעיקר ליניאריים, אך מופיעות גם צורות עגולות שלהם.
• פפטידים לא ריבוזומליים - מופיעים בעיקר בחד תאיים, צמחים ופטריות. בכלליות, פפטידים אלה הם ציקליים (בעלי מבנים ציקליים מורכבים) ומאחר והם מיוצרים על ידי מערכות שמייצרות גם חומצות שומן ופוליקטידים נמצא מולקולות היברידיות ממרכיבים אלו.
• פפטידי עיכול - פפטידים שנוצרים כחלק מתהליך העיכול. בין פפטידים אלה גם נוירו-פפטידים הנקשרים לקולטני אופיואיד. ישנה השערה שבעלי פרופיל גנטי מסוים שאינם יכולים לפרק פפטידי-עיכול מעין אלה ובנוסף רגישים אליהם, ילקו בתסמינים נוירו-פתולוגיים כמו סכיזופרניה. פפטידים אלה הם בעצם פפטידים ריבוזומלים אשר מקורם הוא במזון.

סוגי הפפטידים המלאכותיים:

ישנם פפטידים טבעיים הנוצרים בגוף היצורים החיים, ישנם פפטידים המיוצרים בשיטות יצור של כימיה אורגנית על ידי מכונות ויש פפטידים שיצורים טרנסגניים מיצרים בעקבות מניפולציה גנטית שעשו להם אנשים. דוגמה לפפטידים שחייבים לייצר בעזרת מכונה הם הפפטידים המעגליים - פפטידים בהם החומצה האמינית הראשונה מחוברת לאחרונה. פפטידים כאלה מוצלחים לחיקוי או לחסימה של אתר פעיל של חלבונים.

קבוצה מיוחדת של פפטידים הם פפטידים אנטי-מיקרוביאליים או AMPs, אשר מתפקדים כאנטיביוטיקה ומסוגלים לחסל חיידקים פולשים לגוף.

• פפטידים אנטימיקרוביאליים

• פפטידים, דף שער בספרייה הלאומית

• אתר קול המדע - הקרן הלאומית למדע, ‏הצד הנסתר של הפפטידים, באתר "הידען", 22 בספטמבר 2022

• מרית סלוין, "פפטידים משמידי חיידקים". פורסם ב"גליליאו", גיליון 33, עמוד 12, מרץ/אפריל 1999
• פפטיד, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית)