Os aloencimas ou alocimas (tamén aloenzimas ou alozimas) son formas variantes dun encima que están codificados por diferentes alelos dun mesmo locus. Isto é o oposto dos isoencimas, que son encimas que realizan a mesma función, pero que están codificados en xenes situados en diferentes loci.^[1]

Os aloencimas son encimas biolóxicos comúns que mostran altos niveis de conservación evolutiva funcional a través de filos específicos e reinos. Son utilizados en filoxenética como marcadores moleculares que estiman as historias evolutivas e as relacións entre diferentes especies. Isto pode facerse porque os aloencimas non teñen a mesma estrutura. Poden ser separados por electroforese capilar. Porén, algunhas especies son monomórficas para moitos dos seus aloencimas o que fai difícil para os filoxenetistas a estimación da historia evolutiva desas especies e deben utilizar outros métodos.^[2]

Estes encimas xeralmente realizan funcións moi básicas que se encontran en todas as formas de vida. Un exemplo é a ADN polimerase, o encima que repara e copia o ADN. Cambios significativos neste encima reflicten eventos significativos na historia evolutiva dos organismos. Como se esperaba, a ADN polimerase presenta diferenzas relativamente pequenas na súa secuencia de aminoácidos entre filos e mesmo reinos.

A clave para escoller un bo aloencima utilizable en comparacións de múltiples especies é elixir un que é tan variable como sexa posible pero que está presente en todos os organismos. Comparando a secuencia de aminoácidos do encima nas especies, debería verse unha maior semellanza de aminoácidos nas especies que están máis estreitamente emparentadas, e menor nas que están emparentadas máis distantemente. Canto menos conservado está o encima máis diferenzas de aminoácidos haberá mesmo entre especies relacionadas.^[3]

• Filoxenética
• Evolución molecular
• Homoloxía (bioloxía)