La manipulation d'un objet consiste à le prendre en main (sens premier du terme connu dès le XIV^e siècle : poignée de blé, poignée de fleurs... pour l'examiner, le découvrir, le faire fonctionner, le porter ou le déplacer.

L'usage médical de manipulation dérive de ce premier sens. Dans le domaine des sciences, une manipulation est l'exécution d'une procédure (primitivement manuelle) sur des substances ou des objets, dans une recherche scientifique fondée sur la méthode expérimentale.

Particulièrement, la manipulation est un exercice de prestidigitation qui repose sur l'adresse manuelle et la dextérité du mouvement, et qui permet par exemple de donner l'illusion aux spectateurs de faire disparaître et réapparaître divers objets.

Ce second sens donne les définitions métaphoriques rencontrées en sciences humaines et sociales.

• Manipulation vertébrale : technique de traitement des douleurs mécaniques bénignes réversibles du rachis, lorsque celles-ci présentent un dérangement intervertébral mineur ou un serrage articulaire réflexe ;
• Manipulation anatomico-thérapeutique : dans le domaine de l'ostéopathie.

• Manipulation mentale : une pratique visant à agir sur la volonté d'autrui, sans que celle-ci en ait conscience.

• Manipulation (sport) : moyen technique qui consiste à perturber physiquement et mentalement l’opposant en sport d'opposition.

• Manipulations, téléfilm français de Marco Pico diffusé en 1984 ;
• Manipulation, court métrage d'animation britannique sorti en 1991 ;
• Manipulation (Mother Night), film américain de Keith Gordon sorti en 1996 ;
• Manipulations (No Strings Attached) de Josef Rusnak, sorti en 1997 ;
• Manipulations (The Contender), film américain de Rod Lurie, sorti en 2000 ;
• Manipulations (Motives), film américain de Craig Ross Jr. (en) sorti en 2004 ;
• Manipulation (Deception), film américain de Marcel Langenegger, sorti en 2008 ;
• Manipulations, téléfilm français de Laurent Herbiet, diffusé en 2013 sur France 2 ;
• Manipulation (Careful What You Wish For), film américain de Elizabeth Allen Rosenbaum, sorti en 2015 ;
• Manipulations (Misconduct), film américain de Shintaro Shimosawa, sorti en 2016.
• Manipulations, série télévisée française de Jeanne Le Guillou et Bruno Dega, en 2022.
• Manipulation meurtrière (Telling Secrets), téléfilm américain de Marvin J. Chomsky diffusé en 1993 ;
• Manipulation meurtrière (Body Chemistry 4: Full Exposure), film américain de Jim Wynorski sorti en 1995 ;
• Manipulation perverse (Art of Revenge), film américain de Simon Gornick sorti en 2002 ;
• Manipulations, une histoire française, documentaire politique réalisé par Jean-Robert Viallet, écrit par Pierre Péan et Vanessa Ratignier. et diffusé en 2011 sur France 5 ; il revient sur des affaires de corruption française, notamment les affaires Clearstream et Karachi.