Taikinajuuri on leivonnassa käytetty hapateketju, jonka käyttö on osa vanhinta kohotetun leivän valmistustapaa kaikkialla maailmassa. Taikinajuuressa elää villihiivoja ja bakteereita. Taikinajuuren idea on siirtää bakteerit ja villihiivat seuraavaan taikinaan, ja näin ollen leivissä on samanlainen koostumus ja kohoamisominaisuudet. Juuren hapatusprosessissa molemmat lisääntyvät, hapatusaika sekä -lämpötila säätelevät kummat lisääntyvät enemmän.

Ellei valmista, sukuketjusta saatua taikinajuurta ole saatavilla, voi sellaisen valmistaa esimerkiksi seuraavasti^[1]:

• 2 dl vettä (noin 30-asteista)
• 1 dl ruisjauhoja

Sekoita vesi ja jauhot löysäksi velliksi. Säilytä seosta välillä sekoitellen keittiön lämmössä kolme vuorokautta. Viimeistään silloin vellin pitäisi kuplia.

Näin valmistettua taikinajuurta käytetään raskin valmistukseen samalla tavalla, kuin valmiista ruisleipätaikinasta talteen otettua taikinajuurta.

Juurta, vettä, suolaa ja ruisjauhoja sekoitetaan keskenään ja jätetään fermentoitumaan, syntyy raski. Raskiin lisätään jälleen ruisjauhoa, ja annetaan sen hapantua, tästä syntyy taikina. Taikina leivotaan leiviksi, joiden annetaan kohota ennen paistamista. Perinteisesti juurella leivottavaan leipään ei lisätä tavallista leivinhiivaa^[2], koska taikinajuuren hiivat kohottavat taikinan. Juurella leipominen on hitaampaa ja vaativampaa kuin leivinhiivaa käyttäen. Leivän laatuun ja makuun vaikuttaa erityisesti taikinajuuren etikka- ja maitohapon suhde. Maitohappo tuo miedon happamuuden leipään, etikkahappo taas pistävämmän maun.

Taikinajuuri voidaan ottaa talteen leikkaamalla valmiista taikinasta palanen, pakkaamalla se hyvin muoviin ja laittamalla pakkaseen. Ennen vanhaan juurta ei tarvinnut pakastaa, sillä leipää leivottiin useammin. Uutta taikinaa tehtäessä sekoitetaan pakastettu palanen joukkoon ja valmiista taikinasta leikataan taas palanen talteen. Juuri voidaan myös kuivattaa jättämällä taikina-astia pesemättä ja antamalla taikinan jäänteiden kuivua astian reunoille. Kuivunut juuri voidaan ottaa käyttöön yksinkertaisesti tekemällä uusi taikina samassa astiassa.^[3]

Puuastiassa kuivatettuna ruisleivän juuri säilyy kuukausia tai jopa vuosia^lähde?, ja se voidaan helposti ottaa käyttöön lisäämällä astiaan vettä, suolaa ja jauhoja. Suomessa juurta on käytetty perinteisesti ruisleivässä, mutta kaikkialla maailmassa hapatetaan sekä tummaa että vaaleaa leipää. Tunnettu juurella leivottu leipä on ranskalainen pain Poilâne^lähde?.

Taikinajuuren aloitus on mahdollista kasvattamalla luonnossa esiintyviä hapattavia mikrobeja ruistaikinassa.^[4]