En biologia nomenklaturo sinonimo estas scienca nomo uzata pri taksono, kiu (nune) havas alian sciencan nomon; la termino havas iom malsimilan difinon en botanika kaj zoologia nomenklaturoj (ICBN kaj ICZN). Ekzemple, Karolo Lineo estis la unua kiu donis sciencan nomon laŭ la nune uzata sistemo de scienca nomenklaturo al la ordinara piceo, kiun li nomis Pinus abies. Tiu nomo ne plu estas uzata: ĝi estas nune sinonimo de la nuna scienca nomo Picea abies.

Malkiel sinonimoj en komunlingva kaj aliaj kuntekstoj, en biologia taksonomio sinonimo ne estas tute interŝanĝebla kun la nomo kies sinonimo ĝi estas. En taksonomio sinonimoj ne estas egalaj, sed havas malsaman statuson. Ĝenerale, por ĉiu ajn taksono kun preciza difino, pozicio kaj rango, nur unu scienca nomo estas konsiderata ĝusta je iu tempo kaj tiu ĝusta nomo estas determinata per apliko de la precizaj reguloj de nomenklaturo. Sinonimo estas ĉiam sinonimo de alia scienca nomo kaj ne povas ekzisti izole. Ĉar la ĝusta nomo de taksono dependas de taksonomia vidpunkto (kiu donas precipan difinon, pozicion kaj rangon), nomo kiun unu taksonomiisto konsideras sinonimo povas esti la ĝusta nomo de alia taksonomiisto (kaj inverse).

Sinonimoj povas aperi kie ajn kiam unu sama taksono estas priskribita kaj nomita pli ol unu fojon, sendepende. Ili povas aperi ankaŭ kie ekzistantaj taksonoj estas ŝanĝataj, same kiam specio estas movata al diferenca genro, aŭ kiam du genroj estas kunigitaj por iĝi unu, ktp.