La flago de la Litova SSR estis adoptita la 30-an de julio 1940. La flago estis ruĝa flago kun ora rikoltilo kaj martelo en la pintangulo, kaj la latinaj karakteroj LIETUVOS TSR (Litova SSR en la litova lingvo).

La 15-an de julio 1953, nova flago estis adoptita. Estis modifite por renkonti la novajn postulojn por ĉiuj flagoj de la sovetiaj socialismaj respublikoj. Ĝi asimilis la devigan rikoltilon kaj martelon kaj ruĝan stelon. La fundoparto povus esti personigita de ĉiu respubliko. Litovio aldonis mallarĝan blankan (kiu reprezentas la larĝajn kampojn kaj arbarojn de la regiono) kaj sub de ĝi pli dikan verdan striojn.

La flago estis prirezignita en novembro 1988, eĉ antaŭ ol kiam Litovio deklaris sendependecon en marto 1990. La Supera Soveto de la Litova SSR, inspirita de la por-sendependeca movado Sąjūdis, ŝanĝis la konstitucion kaj adoptis la trikoloron de Litovio.