Die Systematik der Reptilien stellt die Gruppe der Reptilien in modernem, kladistischem Sinne vor (Reptilia als monophyletisches Taxon, synonym zu Sauropsida). Dabei sollen systematische Reihenfolgen, Gruppierungen und Artenlisten die gegenwärtigen Kenntnisse von der natürlichen Entwicklung (Phylogenese) und der Verwandtschaft widerspiegeln. Gruppen sollen nur Arten umfassen, die einen gemeinsamen Ursprung haben (monophyletische Gruppen).

Die folgende Systematik führt die heute lebenden sowie die bekanntesten ausgestorbenen (†) Taxa bis auf Familienebene (Endung: ...idae) auf (Ausnahme: Dinosaurier).

• † Mesosauridae
• † Millerettidae
• Ankyramorpha
  • † Bolosauridae
  • † Lanthanosuchidae
  • † Procolophonidae
  • † Pareiasauridae

• † Captorhinidae
• † Paleothyris
• Diapsida
  • † Araeoscelidia
  • † Weigeltisauridae
  • Schildkröten (Testudinata), Position innerhalb der Diapsida noch unsicher (→ Systematik der Schildkröten)
  • Neodiapsida
    • † Younginiformes
    • † Ichthyosauria Position unsicher
    • Lepidosauromorpha
      • † Sauropterygia
        • † Placodontia
        • † Eusauropterygia
          • † Nothosaurioidea
            • † Pachypleurosauria
            • † Nothosauria
          • † Plesiosauria
            • † Plesiosauroidea
            • † Pliosauroidea
      • Lepidosauria
        • Sphenodontia
          • † Pleurosauridae
          • Sphenodontidae
        • Schuppenkriechtiere (Squamata)^[1]
          • Schlangenschleichen (Dibamidae)
          • Geckoartige (Gekkota)
            • Doppelfingergeckos (Diplodactylidae)
            • Carphodactylidae
            • Flossenfüße (Pygopodidae)
            • Lidgeckos (Eublepharidae)
            • Sphaerodactylidae
            • Geckos (Gekkonidae)
            • Phyllodactylidae
          • Skinkartige (Scincoidea)
            • Skinke (Scincidae)
            • Gürtelechsen (Cordylidae)
            • Schildechsen (Gerrhosauridae)
            • Nachtechsen (Xantusiidae)
          • Lacertibaenia
            • Doppelschleichen (Amphisbaenia)
              • Florida-Doppelschleichen (Rhineuridae)
              • Eigentliche Doppelschleichen (Amphisbaenidae)
              • Spitzzahn-Doppelschleichen (Trogonophidae)
              • Zweifuß-Doppelschleichen (Bipedidae)
              • Cadeidae
              • Blanidae
            • Echte Eidechsen (Lacertidae)
          • Gymnophthalmoidea
            • Alopoglossidae
            • Zwergtejus (Gymnophthalmidae)
            • Schienenechsen (Teiidae)
          • Toxicofera
            • Leguanartige (Iguania)
              • Acrodonta
                • Chamäleons (Chamaeleonidae)
                • Agamen (Agamidae)
              • Pleurodonta
                • Anolidae
                • Corytophanidae
                • Crotaphytidae
                • Hoplocercidae
                • Leguane (Iguanidae)
                • Leiocephalidae
                • Leiosauridae
                • Liolaemidae
                • Opluridae
                • Phrynosomatidae
                • Polychrotidae
                • Tropiduridae
            • Schleichenartige (Anguimorpha)
              • Schleichen (Anguidae)
              • Ringelschleichen (Anniellidae)
              • Doppelzungenschleichen (Diploglossidae)
              • Höckerechsen (Xenosauridae)
              • Krustenechsen (Helodermatidae)
              • Taubwarane (Lanthanotidae)
              • Warane (Varanidae)
              • Krokodilschwanzechsen (Shinisauridae)
            • Schlangen (Serpentes) (→ Systematik der Schlangen)
            • † Mosasaurier (Mosasauridae) Position unsicher
    • Archosauromorpha
      • † Trilophosauridae
      • † Rhynchosauria
      • † Prolacertiformes
      • Archosauria
        • † Proterosuchidae
        • † Euparkeria
        • Avesuchia
          • Crurotarsi
            • † Phytosauridae
            • † Stagonolepididae (Aetosauria) Position unsicher
            • † Ornithosuchidae Position unsicher
            • † Rauisuchia Position unsicher
            • Crocodylomorpha
              • † Saltoposuchidae
              • † Sphenosuchidae
              • Crocodyliformes
                • † Protosuchidae
                • Mesoeucrocodylia
                  • † Thalattosuchia
                    • † Teleosauridae
                    • † Metriorhynchidae
                  • Metasuchia
                    • † Notosuchidae
                    • † Sebecidae
                    • Neosuchia
                      • † Goniopholididae
                      • † Pholidosauridae
                      • † Bernissartia
                      • Eusuchia
                        • Krokodile (Crocodylia)
                          • Echte Krokodile (Crocodylidae)
                          • Alligatoren (Alligatoridae)
                          • Gaviale (Gavialidae)
          • Avemetatarsalia
            • † Scleromochlus
              • Ornithodira
                • † Flugsaurier (Pterosauria) → Systematik der Flugsaurier
                • Dinosauromorpha
                  • † Lagerpeton
                  • Dinosauriformes
                    • † Marasuchus
                    • Dinosaurier (Dinosauria; einzige rezente Gruppe sind die Vögel → Systematik der Dinosaurier)

In der klassischen Systematik sind die Reptilien (Reptilia) eine Klasse der Wirbeltiere (Vertebrata). Aus kladistischer Sicht sind die Reptilien nach dieser traditionellen Systematik eine paraphyletische Gruppe bzw. ein Formtaxon, weil die Vögel (Aves) aufgrund zahlreicher abweichender äußerer Merkmale nicht zu ihnen gezählt werden, obwohl Reptilien und Vögel eine Abstammungsgemeinschaft (Klade) bilden. Heute wird deshalb oft das Taxon Sauropsida bevorzugt, das 1864 von Huxley eingeführt wurde, um Vögel und Reptilien zu vereinen. Der Gruppenname „Reptilia“ ist jedoch so etabliert, dass vor allem von Paläontologen auch unter Einschluss der Vögel daran festgehalten wird. Allerdings teilen die heutigen Reptilien nicht nur mit den Vögeln, sondern auch mit den heutigen Säugetieren (Mammalia) einen gemeinsamen, wenngleich älteren Vorfahren. Die Klade aus Sauropsiden und Säugetieren wird Amnioten genannt.

Man kann die Reptilien der traditionellen Systematik auch als „Ausschlusstaxon“ definieren: Reptilien sind alle Amnioten, die keine Säugetiere und keine Vögel sind. Während auf diese Weise heute eine klare Abgrenzung zwischen einerseits Reptilien im traditionellen Sinn und andererseits Säugetieren und Vögeln möglich ist, verschwimmen diese Grenzen, sobald man etwa 100 bis 300 Millionen Jahre in der Erdgeschichte zurückgeht, denn die Vorfahren der heutigen Säugetiere und Vögel besaßen zu dieser Zeit noch zahlreiche typische Reptilienmerkmale. Aus diesem Grund ist unter Biologen und Paläontologen umstritten, wo genau jeweils die Trennlinie zwischen den eigentlichen Vögeln (Aves) und den Nicht-Vogel-Sauropsiden bzw. den eigentlichen Säugetieren (Mammalia) und den noch zu einem gewissen Grade reptilienhaften Säugetiervorfahren (nicht-mammale Synapsiden) zu ziehen ist.

Die rezenten Reptilien (im traditionellen Sinn) sind folglich Amnioten, die zahlreiche typische Merkmale der frühen Vertreter dieser Gruppe, u. a. die Kaltblütigkeit und das damit verbundene Fehlen eines Haar- oder Federkleides, bis heute beibehalten haben. Dazu gehören die Schildkröten, die Schuppenkriechtiere mit den Schlangen und Echsen sowie die Krokodile. Hingegen sind viele typische Reptilienmerkmale in den Entwicklungslinien, die zu den Säugetieren bzw. zu den Vögeln führen, verschwunden oder stark abgewandelt worden.

• Michael J. Benton: Paläontologie der Wirbeltiere. 2007, ISBN 3-89937-072-4
• Wilfried Westheide / Reinhard Rieger: Spezielle Zoologie Teil 2: Wirbel und Schädeltiere, 1. Auflage, Spektrum Akademischer Verlag Heidelberg • Berlin, 2004, ISBN 3-8274-0307-3
• The Tree of Life Web Project

1. ↑ Robert Alexander Pyron, Frank T. Burbrink, John J. Wiens: A phylogeny and revised classification of Squamata, including 4161 species of lizards and snakes. BMC Evolutionary Biology, Bd. 13, Art.-Nr. 93, 2013, doi:10.1186/1471-2148-13-93