Johann Wolfgang Friedrich Bönneken (auch Bönnecken, * 4. Januar 1706 in Hopfgarten; † 25. Dezember 1769 in Schweinfurt) war ein deutscher Mediziner.

Johann Wolfgang Friedrich Bönneken studierte an der Universität Erfurt Medizin. 1728 wurde er in Erfurt promoviert. Anschließend war er Arzt in Wesel, dann Garnisonsarzt in Arnheim und Physicus in Rees. Danach wurde er Arzt in Wertheim sowie Hofrat und Leibarzt des Fürsten von Löwenstein-Wertheim. Zuletzt wirkte er als Physicus und später auch als Ratsherr in Schweinfurt.

Am 8. Juli 1741 wurde er mit dem akademischen Beinamen Bassus II. unter der Matrikel-Nr. 515 als Mitglied in die Leopoldina aufgenommen.

• Diss. inaug. med. sistens melancholiam, vulgo die Schwermüthigkeit. Erfurt 1728 (Digitalisat)

• Johann Daniel Ferdinand Neigebaur: Geschichte der kaiserlichen Leopoldino-Carolinischen deutschen Akademie der Naturforscher während des zweiten Jahrhunderts ihres Bestehens. Friedrich Frommann, Jena 1860, S. 217 (Textarchiv – Internet Archive).
• Willi Ule: Geschichte der Kaiserlichen Leopoldinisch-Carolinischen Deutschen Akademie der Naturforscher während der Jahre 1852–1887. Mit einem Rückblick auf die frühere Zeit ihres Bestehens. In Commission bei Wilhelm Engelmann in Leipzig, Halle 1889, Nachträge und Ergänzungen zur Geschichte Neigebaur’s, S. 159 (Textarchiv – Internet Archive). 

• Mitgliedseintrag von Johann Wolfgang Friedrich Bönneken bei der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina
• Wolfgang Friedrich Bönneken. In: Die Schweinfurter Mitglieder der Leopoldina Akademie.
• Werke von und über Johann Wolfgang Friedrich Bönneken in der Deutschen Digitalen Bibliothek