Eberhard Barnstorff (* 24. April 1672 in Rostock; † 3. Januar 1712 in Greifswald) war ein deutscher Mediziner. Er war Professor der Medizin und Stadtphysicus in Greifswald.

Der Sohn des Rostocker Arztes und Professors Bernhard Barnstorff (1645–1704) studierte an der Universität Helmstedt bei Heinrich Meibom, an der Universität Jena bei Ernst Heinrich Wedel (1671–1709) und Johann Adrian Slevogt, in Leipzig bei Günther Christoph Schelhammer und Johannes Bohn sowie in Halle bei Georg Ernst Stahl. In Halle wurde er 1696 zum Doktor der Medizin promoviert. In den folgenden zwei Jahren hielt er in Halle Vorlesungen in Mathematik und Medizin. 1698 ließ er sich in Wismar als praktischer Arzt nieder. 1699 wurde er zum Stadtphysicus von Anklam ernannt.

Von dort ging er 1703 nach Greifswald, wo er als Nachfolger von Matthäus Clemasius ordentlicher Professor der Medizin und Stadtphysicus wurde. Aus gesundheitlichen Gründen konnte er die Stelle erst im folgenden Jahr antreten. 1707 war er Rektor der Universität Greifswald.

• De amputatione membrorum sphacelatorum eorumque secura medela. Halle 1696.
• Consilium Præservatorium, Oder Wolgemeinte jedoch unvorgreiffliche Gedancken / Wie man sich bey grassirender und herum schleichender Pestilentzialischen Contagion Zu verhalten und zu verwahren habe. Greifswald 1709.

• Liste der Rektoren der Universität Greifswald

• Diedrich Hermann Biederstedt: Nachrichten von dem Leben und den Schriften neupomerisch-rügenscher Gelehrten seit dem Anfange des achtzehnten Jahrhundertes bis zum Jahre 1822. Band 1, Friedrich Wilhelm Kunike, Greifswald 1824, S. 21.
• August Ferdinand Brüggemann: Biographie der Aerzte. Band 1, Carl Brüggemann, Halberstadt 1829, S. 293.

• Druckschriften von und über Eberhard Barnstorff im VD 17.
• Literatur über Eberhard Barnstorff in der Landesbibliographie MV
• Schriften von Eberhard Barnstorff im Gemeinsamen Verbundkatalog