Miljøministeriet blev etableret i 1971 som Ministeriet for Forureningsbekæmpelse, ledet af Jens Kampmann. Det fik først sin nuværende betegnelse i 1973. Energiområdet, som havde sit eget ministerium i perioden 1979 – 1994, har været tæt tilknyttet miljøministeriet. I 1994 kom energien direkte ind under ministeriet, der skiftede navn til Miljø- og Energiministeriet, og ved regeringsskiftet i 2001 blev energien som sagsområde flyttet ud under en række andre ministerier; den måske største andel, energilovgivningen, havnede i Økonomi- og Erhvervsministeriet. Ved regeringsomdannelsen i 2005 blev energiområdet underlagt Transport- og Energiministeriet. I 2007 blev energiområdet underlagt det nyoprettede Klima- og Energiministerium.

Ved regeringsskiftet i 2015 blev ministeriet lagt sammen med ministeriet for fødevarer, landbrug og fiskeri under navnet Miljø- og Fødevareministeriet. Miljø- og fødevareminister blev Eva Kjer Hansen (V) og fra februar 2016, efter Kjers afgang (pga. den såkaldte gyllegate), forhenværende uddannelses- og forskningsminister Esben Lunde Larsen (V)

Miljøministeriet omfattede dels et departement, dels en række styrelser og institutioner:

• Miljøstyrelsen
• Naturstyrelsen (oprettet pr 1. januar 2011)
  • En sammenlægning af Skov- og Naturstyrelsen og By- og Landskabsstyrelsen
  • Styrelsen omfatter de tidligere statsskovdistrikter og Miljøcentre, og består af tre landsdele, fordelt på 21 lokale enheder.
• Geodatastyrelsen (tidligere Kort & Matrikelstyrelsen)
• Center for Koncernforvaltning (nedlagt i 2008)
• Natur- og Miljøklagenævnet (oprettet pr 1. januar 2011)
  • En sammenlægning af de to tiligere nævn Miljøklagenævnet og Naturklagenævnet

I forbindelse med Universitetsreformen blev DMU flyttet fra Miljøministeriet til Aarhus Universitet. I forbindelse med Regeringen Anders Fogh Rasmussen III's tiltræden blev GEUS flyttet til det nyoprettede Klima og Energiministerium.

• Miljøministeriets hjemmeside

55°40′42″N 12°34′46″Ø / 55.678401°N 12.579395°Ø / 55.678401; 12.579395