La llista d'abats de Sant Esteve de Banyoles comença el 812 amb l'abat Bonit i acaba el 1835 amb Lluís de Fluvià, per bé que segons la llegenda, el primer abat i fundador del monestir fou Emeri de Banyoles.

• Bonit 812-822
• Mercoral 822
• Elies 844
• Pere 854-866
• Ansemon 870-880
• Sunifred 889
• Acfred 916
• Luns 928
• Acfred 935-957
• Bonfill 979
• Gademir 999-1099
• Bonfill 1017
• Andreu 1047-1050
• Benet 1078-1097
• Pere 1121-1124
• Ramon Guillem 1125?-1130
• Berenguer 1140-1149?
• Ricard 1154
• Hug 1172
• Ramon de Cabanyes 1172-1175
• Pere Benet 1190-1196
• Ramon 1196-1207
• Bernat 1226
• Guillem de Cartellà i de Creixell 1226-1252
• Ramon de Corsavell (1252)
• Pere 1252-1253
• Guilem Ramon de Navarro 1257-1263
• Guillem 1263-1265
• Benet 1267
• Arnau de Vallespirans1268-1300
• Bernat de Vallespirans 1300-1333
• Ramon del Coll 1333-1340
• Arnau de Samasó 1340-1356
• Bernat Cavaller 1356-1361
• Ponç de Canadal 1362-1370
• Joan Desprat 1370-1401
• Bernat Estruç 1401-1409
• Guillem de Pau i Amorós 1409-1443
• Dalmau de Canadal 1443-1459
• Francesc de Xetmar i de Juià 1461-1503
• Juan de Vera 1503-1507
• Martirià Prats 1507-1510
• Miquel Sampsó 1510-1544
• Rafael Ubach 1544-1556
• Bernat de Cardona 1556-1558
• Bernat de Marlès i de Malla 1558-1562
• Lluís d'Argençola 1562-1570
• Antich Vilalba 1572-1583
• Bartomeu de Montagut de Vallgornera i de Setantí 1596-1610
• Lluís d'Alentorn i de Serrateix 1611-1617
• Antoni de Cartellà i d'Alemany Descatllar 1618-1622
• Antonio Mantilla 1622-1640
• Francesc de Montpalau i de Solanell 1642-1674
• Antoni de Planella i de Cruïlles 1675-1688. 113è President de la Generalitat de Catalunya
• Dimes de Malla i Gualbes 1688-1702
• Joan Baptista de Descatllar i Tord 1703-1744
• Ramon de Padró i Serrals 1745-1758
• Antoni Salvador de Otamendi 1757-1758
• Ignasi de Francolí i Sabater 1761-1780
• Josep Gregori de Montero i d'Alòs 1781-1789. Passa a ser abat del Monestir de Sant Cugat.
• Ignasi de Gras de Taberner 1789-1792
• Joaquim de Laplana i de Natota 1792-1803
• Josep de Guanter 1805-1810
• Benet d'Olmera 1816-1831
• Lluís de Fluvià i de Berart 1833-1835

• Francesc Montsalvatge, Notícias Históricas, vol XVI, Olot 1904, pàg. 48-59
• Juan Anton Abellán i Manonelles, Josep Grabuleda i SItjà, Els senyors de Banyoles. Els abats del monestir de Sant Pere, Arxiu Comarcal del Pla de l'Estany ,2012.