La anatomia comparada considera cada ésser un sistema únic, un conjunt on les diverses parts que el componen es corresponen i es condicionen, per reaccions recíproques. Així, si una de les seves parts divergeix en la seva estructura predefinida, originària, condicionarà la resta de les parts del conjunt que també hauran de divergir de l'estructuració inicial. Per exemple, si un animal és carnívor, tot el seu cos haurà d'estar adaptat per poder acomplir aquesta funcionalitat.

Aquest principi s'utilitza per poder deduir l'estructura d'organismes complets, quan d'aquests no se'n conserva la totalitat, com pot ser el cas de les restes fòssils d'animals extints. Per fer-ho es parteix d'animals amb funcionalitats similars i/o emparentats filogenèticament, i que existeixen en l'actualitat o que van ser rigorosament estudiats en el passat.

Aquesta disciplina es va començar a desenvolupar a inicis del segle xix i els seus principals promotors van ser Georges Cuvier, fundador també de la paleontologia, Étienne Geoffroy Saint-Hilaire, que hi afegí el principi de connexió, i Sir Richard Owen, paleontòleg i morfòleg.

A Wikimedia Commons hi ha contingut multimèdia relatiu a: Anatomia comparada