Филип Ернст фон Изенбург-Бюдинген (на немски: Philipp Ernst von Isenburg-Büdingen; * 27 януари 1595; † 16 август 1635 в Ханау) е граф на Изенбург-Бюдинген-Бирщайн.

Той е син на граф Волфганг Ернст I фон Изенбург-Бюдинген (1560 – 1633), бургграф на Гелнхаузен, и първата му съпруга графиня Анна фон Глайхен-Ремда (1565 – 1598), дъщеря на граф Йохан IV фон Глайхен-Ремда († 1567) и Катарина фон Плесе.

Брат е на Волфганг Хайнрих (1588 – 1635), граф на Изенбург-Бюдинген-Бирщайн, Филип Лудвиг I (1593 – 1593), граф на Изенбург-Бюдинген, и Вилхелм Ото (1597 – 1667), граф на Изенбург и Бюдинген. По-голям полубрат е на Йохан Ернст (1625 – 1673), граф на Изенбург-Бюдинген.

Филип Ернст умира от епидемия на 16 август 1635 г. в Ханау и е погребан там.

Филип Ернст фон Изенбург-Бюдинген се жени на 19 юни 1619 г. за графиня Анна фон Насау-Диленбург (* 24 ноември 1594 в Диленбург; † 11 февруари 1660 в Бирщайн), дъщеря на граф Йохан VI фон Насау-Диленбург (1536 – 1606) и графиня Йоханета фон Сайн-Витгенщайн (1561 – 1622).^[1][2] Те имат една дъщеря:^[3]

• Анна Йоханета фон Изенбург-Бюдинген (* 31 юли 1621; † 16 август 1622 в Бюдинген)

Брат му Вилхелм Ото (1597 – 1667) се жени 1648 г. за графиня Анна Амалия (1599 – 1667), сестра на съпругата му Анна.

• Dagmar Reimers: Isenburg (Ysenburg). In: Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 10, Duncker & Humblot, Berlin 1974, ISBN 3-428-00191-5, S. 192 – 194 (Digitalisat).
• Genealogisches Handbuch des Adels. Adelslexikon Band XIII, Band 128. Starke, Limburg (Lahn) 2002, ISSN 0435 – 2408
• Detlev Schwennicke, Europaische Stammtafeln, New Series, Vol. I/1, Tafel 74., Vol. XVII, Tafel 62.

• Philipp Ernst Graf zu Ysenburg und Büdingen, Genealogics – Leo van de Pas